O isolado de proteína whey é o concentrado sujeito a um passo adicional de filtração: mais proteína por dose, e lactose suficientemente reduzida para que as pessoas que incham com o concentrado geralmente o tolerem. O perfil de aminoácidos é igual ao do concentrado, pelo que as únicas diferenças reais são os poucos gramas de hidratos de carbono e gordura em falta, o preço mais elevado e a melhor tolerância. Nutricionalmente, não há razão para preferi-lo se o concentrado for bem tolerado.