分离乳清蛋白是浓缩乳清蛋白经过进一步过滤处理而成：每勺蛋白质含量更高，乳糖含量也低到足以让那些食用浓缩乳清蛋白会胀气的人通常能够耐受。其氨基酸组成与浓缩乳清蛋白相同，因此真正的区别只在于减少的几克碳水化合物和脂肪、更高的价格，以及更好的耐受性。如果浓缩乳清蛋白本身耐受良好，从营养角度看并没有理由更偏爱分离乳清蛋白。