Whey protein isolate là whey concentrate được lọc thêm một bước nữa: nhiều protein hơn trên mỗi scoop, và lượng lactose ít đến mức những người bị đầy hơi khi dùng concentrate thường có thể dung nạp được. Thành phần axit amin giống hoàn toàn với concentrate, nên sự khác biệt thực sự chỉ nằm ở vài gram carbohydrate và chất béo bị loại bỏ, giá cao hơn, và khả năng dung nạp tốt hơn. Về mặt dinh dưỡng, không có lý do gì để ưu tiên isolate nếu concentrate vẫn hợp với cơ thể.