Myseproteinisolat er konsentrat som er ført gjennom et ekstra filtreringstrinn: mer protein per scoop, og lite nok laktose til at de som blir oppblåst av konsentratet, som regel tåler det. Aminosyreprofilen er den samme som i konsentratet, så de eneste reelle forskjellene er de manglende gramene med karbohydrater og fett, den høyere prisen, og bedre toleranse. Ernæringsmessig er det ingen grunn til å foretrekke det dersom konsentratet fungerer bra.