Isolat protein whey ialah konsentrat yang melalui satu lagi peringkat penapisan: lebih banyak protein setiap senduk, dan laktosa yang cukup sedikit sehingga orang yang kembung akibat konsentrat biasanya boleh menerimanya. Profil asid aminonya sama seperti konsentrat, jadi perbezaan sebenar hanyalah beberapa gram karbohidrat dan lemak yang hilang, harga yang lebih tinggi, dan toleransi yang lebih baik. Dari segi pemakanan, tiada sebab untuk memilihnya jika konsentrat sesuai dengan badan.