유청 단백질 아이솔레이트는 농축물을 한 단계 더 여과한 제품으로, 1스쿱당 단백질 함량이 더 높고 유당이 매우 적어 농축물을 먹으면 속이 더부룩한 사람도 대개 무리 없이 섭취할 수 있다. 아미노산 구성은 농축물과 동일하므로 실질적인 차이는 줄어든 약간의 탄수화물과 지방, 더 높은 가격, 그리고 더 나은 내약성뿐이다. 농축물이 잘 맞는다면 영양학적으로 굳이 이것을 선택할 이유는 없다.