ホエイプロテインアイソレートは、コンセントレートをさらにろ過処理したもので、スクープあたりのタンパク質量が増え、乳糖もごく少量に抑えられているため、コンセントレートで腹部膨満を起こす人でも通常は問題なく摂取できる。アミノ酸組成はコンセントレートと同じであり、実質的な違いは糖質と脂質が数g少ないこと、価格が高いこと、そして耐性が良いことだけだ。コンセントレートで問題がないなら、栄養面でアイソレートを優先する理由はない。