Whey protein isolate adalah konsentrat yang melalui tahap penyaringan lebih lanjut: protein lebih banyak per scoop, dan laktosa yang cukup sedikit sehingga orang yang kembung akibat konsentrat biasanya dapat mentoleransinya. Profil asam aminonya sama dengan konsentrat, sehingga satu-satunya perbedaan nyata adalah hilangnya beberapa gram karbohidrat dan lemak, harga yang lebih tinggi, dan toleransi yang lebih baik. Secara nutrisi tidak ada alasan untuk memilihnya jika konsentrat sudah cocok bagi tubuh.