L'isolat de whey protéine est un concentré ayant subi une étape de filtration supplémentaire : plus de protéines par dose, et assez peu de lactose pour que les personnes ballonnées par le concentré le tolèrent généralement bien. Le profil d'acides aminés est identique à celui du concentré, donc les seules vraies différences sont les quelques grammes manquants de glucides et de matières grasses, le prix plus élevé et la meilleure tolérance. Sur le plan nutritionnel, il n'y a aucune raison de le préférer si le concentré est bien toléré.