Molkenproteinisolat ist Konzentrat, das einen weiteren Filtrationsschritt durchlaufen hat: mehr Protein pro Scoop und so wenig Laktose, dass Menschen, die vom Konzentrat aufgebläht sind, es meist vertragen. Das Aminosäureprofil entspricht dem des Konzentrats, sodass die einzigen wirklichen Unterschiede die fehlenden paar Gramm Kohlenhydrate und Fett, der höhere Preis und die bessere Verträglichkeit sind. Ernährungsphysiologisch gibt es keinen Grund, es zu bevorzugen, wenn das Konzentrat gut vertragen wird.