হুই প্রোটিন আইসোলেট হলো কনসেনট্রেটকে আরেক ধাপ ফিল্টারিংয়ের মধ্য দিয়ে নিয়ে যাওয়া পণ্য: প্রতি স্কুপে বেশি প্রোটিন, আর এত কম ল্যাকটোজ যে কনসেনট্রেটে যাদের পেট ফাঁপে তারাও সাধারণত এটি সহ্য করতে পারে। অ্যামিনো অ্যাসিড প্রোফাইল কনসেনট্রেটের মতোই, তাই প্রকৃত পার্থক্য শুধু কয়েক গ্রাম কম কার্বোহাইড্রেট ও চর্বি, বেশি দাম, এবং ভালো সহনশীলতা। কনসেনট্রেট ভালোভাবে সহ্য হলে পুষ্টিগতভাবে এটি বেছে নেওয়ার কোনো কারণ নেই।